18世纪末，天地异变，疾病、战乱、虐杀……，世界一片混乱，就在此时，出现了一个身怀特异之功、传播邪教的男子——天草四郎时贞。从此异变跨过海洋的阻隔，由日本向世界各地扩散。察觉到这种变化的剑士们，纷纷投入了战斗……

怒槽、连续技、拼剑等本系列的核心系统，自第一部作品就已经全部出场了。此外，赤手空拳的攻防战、飞溅的血沫、劈成两截的尸体，这些惨烈的场面，成了刺激了玩家精神的超强兴奋剂！

1788年，天明八年。初春 天草四郎灵魂被暗黑神控制，得到黑暗力量，夺取服部真藏之身体重现于世。前往南美夺取宝珠巴雷肯并企图复活远古恶神。春天 人间界因人魔两性失衡，秩序出现混乱，种种怪异现象不断发生。娜可璐璐义父探查混乱之源时被魔物重伤（后逝世），娜可璐璐继承巫女宿命。同各地的剑士一起前往讨伐天草 。初夏 天草四郎被霸王丸击倒，善恶两魂体被强行分离。取回了人世之心的天草灵魂分裂为光与暗两个部分，不断在人世间彷徨。异象暂时停止了，但这只是暴风雨前的平静......

侍魂登场于1993年。故事设定在日本历史上著名的岛原事件后300年，天草四郎的冤魂借助他人的身体复活，意图打开魔界之门，因而引来各角色之间的纠缠。仅从背景和人设看，浓浓的武士风味加上古朴的古日本风情就已经是非常的出色。而格斗系统更是独具一格。首创了真正的武器格斗流。由于武器的存在，格斗不再是近程拳脚或是远程飞行道具对发，利用武器的距离成为以后侍魂系列的奥义所在。另外怒槽的出现，使得一击必杀的快感使得游戏的刺激程度大增，加上纷飞的鲜血，破裂的尸体，实在是大呼爽快。而加分游戏稻草人斩也是特点之一，主角们间的关系、个性、造型也为日後侍魂的发展留下良好的垫基石。

登场剑士: 霸王丸、服部半藏、加尔福特、娜考璐璐、王虎、橘右京、千两狂死郎、塔姆塔姆、不知火幻庵、Earthquake、柳生十兵卫、夏洛特 

头目:天草四郎时贞 

特殊角色:裁判-黑子、宝物供应-飞脚